2017.01.02 01:54:19
Татьяна Рясина пишет:
Универсальный «переключатель» для светочувствительных клеток
https://mipt.ru/newsblog/lenta/versatil … lled_cells
"Кристаллическая структура натриевого насоса"
2017.04.22 10:57:13
Татьяна Рясина пишет:
По поиску - структура белка KR2 - находится
https://www.google.ru/search?q=%D0%B1%D … %D0%B0+KR2
Кушелев:
На уровне вторичной структуры очевидно, что нет там альфа-спиралей, заявленных в PDB.
2017.04.07 21:14:03
Татьяна Рясина пишет:
Вы могли бы сделать 2D, 3D, 4D структуру белка KR2 на обновлённой версии Пикотеха?
Кушелев: Так новая версия ещё не готова. Программист сильно занят. Пока нашёл время только на усовершенствование 2D-версии. Но даже на этом уровне хорошо видно, что РСА не "видит" даже вторичную структуру белка. Поэтому исследователи заполняют её кусками альфа-спиралей "от фонаря"
А реальная структура совсем другая.
Я конечно, могу запустить определение третичной структуры на старой версии Пикотех, но может быть много ошибок. Запускать?
2017.04.07 22:09:11
Татьяна Рясина пишет:
А самые новые апрельские структуры Вы в старой версии делаете?
Чисто житейски лучше конечно подождать версию без ошибок.
А потом выслать профессуре МФТИ.
Куешелев:
Да, пока в старой. Для спиральных участков это обычно "прокатывает", но тоже не всегда. Программные спирали бывают разные...
2017.04.08 14:13:08
Пикотехнология белков, ДНК, РНК
Татьяна Рясина пишет:
Пикотехнология тоже, как и РСА, показывает этот самый натриевый насос в белке KR2, и если да, то как?
Кушелев:
Для ответа на этот вопрос нужно исправить ошибки, т.е построить правильную 3D-модель этой белковой молекулы. Для этого нужна интерактивная версия программы Пикотех, которая уже запланирована, но будет создана не очень скоро. Программист сильно занят зарабатывание денег на жизнь, поэтому программами может заниматься раз в неделю по полчаса. Такими темпами можно год и больше писать интерактивную версию Пикотех-3D.
2017.04.07 22:08:32
Татьяна Рясина пишет:
Но конечно хочется в старой версии увидеть тоже ))))
Кушелев: Сейчас попробую сделать
2017.04.07 22:39:56
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4XTN
http://www.uniprot.org/uniprot/N0DKS8
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BAN14808
>ENA|BAN14808|BAN14808.1 Dokdonia eikasta sodium pumping rhodopsin
ATGACACAAGAACTAGGGAATGCCAATTTCGAAAATTTCATTGGAGCTACAGAAGGATTT
TCTGAAATTGCTTATCAATTTACATCACATATCCTTACGTTAGGGTACGCAGTGATGCTT
GCAGGATTACTATACTTTATCCTTACCATCAAAAATGTAGATAAAAAATTCCAAATGTCG
AACATATTATCAGCTGTGGTAATGGTATCGGCATTTTTGCTATTATATGCGCAGGCACAA
AACTGGACATCCAGTTTTACCTTTAATGAAGAAGTAGGAAGATATTTTTTAGATCCGAGT
GGTGATCTATTTAATAACGGATATCGCTATCTTAACTGGCTCATCGATGTACCTATGCTT
CTCTTTCAAATTCTATTTGTAGTAAGTTTAACTACTTCAAAATTTAGCTCTGTACGTAAC
CAATTCTGGTTTTCTGGGGCAATGATGATTATTACTGGGTACATTGGACAGTTTTATGAG
GTAAGTAACTTGACTGCCTTTTTAGTATGGGGAGCTATTTCATCTGCTTTTTTCTTCCAT
ATTTTATGGGTTATGAAGAAGGTAATTAATGAAGGAAAAGAGGGGATTTCCCCAGCAGGA
CAAAAAATACTTTCTAATATCTGGATCTTATTTTTAATATCATGGACTTTATATCCAGGA
GCTTACTTAATGCCATACCTTACTGGAGTAGACGGATTTTTATATAGTGAAGATGGCGTG
ATGGCTAGACAACTAGTATACACTATTGCAGATGTAAGTTCTAAAGTTATCTATGGTGTA
TTATTAGGTAACCTAGCAATTACATTAAGTAAAAACAAAGAGTTGGTTGAAGCAAATAGC
TAA
2017.04.07 22:39:56
Кушелев: По данным РСА - сплошные альфа-спирали, а программа Пикотех показывает пи-спирали и программные спирали. Во всей структуре попался только один виток альфа-спирали и 4 одиночных витка 310-спирали.
Понятно. Четвертичную структуру с пятеричной симметрией разглядели, а третичную структуру заполнили альфа-спиралями, которых в этом белке нет. Надо будет построить 3D модель, когда ошибки в 3D-версии Пикотех будут исправлены.
2D структура определятеся без ошибок.
2D структура с музыкальным кодом, Пикотехнология в обновлённой версии март-апрель 2017:
3D структура в версии может содержать ошибки.
В настоящее время Пикотехнология проходит отладку в связи с обновлениями алгоритма, в несённым начиная с яваря 2017 года.
