Сайт создан на платформе Nethouse. Хотите такой же?
Владельцу сайта
Перевести страницу


EMBL to PDB Converter

2D & 3D Genetic code


2017          2018          2020            2 0 2 3



Music of a Proteine



Read the monograph

 


tttttt


 




Пикософт

Подписаться на RSS



Сопоставление данных 



В таблице 3D генетического кода каждому триплету кодирующей нуклеотидной последовательности соответствует не только аминокислота, но и вариант её установки в растущую структуру белка. Например, триплет GGC кодирует глицин в составе альфа-спирали, GGA – глицин в составе бета-спирали, GGG – глицин в составе 310-спирали, GGT – глицин в составе пи-спирали.





1

Файл Fasta и 2D диаграмма Пикотех


2

Файл Fasta и 2D диаграмма Пикотех


3


  


Альфа-фолд знает про сверхдлинные альфа-спирали!


4

Существующие "мокрые" методы анализа белковых структур обычно не отличают даже трёхгранную призму (фрактальную 75-спираль Кушелева) от других типов вторичной структуры (альфа-, пи-, 310-спиралей). 



5

Сверхдлинные 310-спирали, как мы видим, тоже современные методы структурного анализа обнаружить обычно не могут. Хотя Альфа-фолд уже нарисовал длинные спиральные участки.  310-спираль для современных методов обычно неотличима от пи-спирали и от альфа-спирали.




6

Это снова сверхдлинная фрактальная 75-спираль Кушелева (бета-призма по официальной классификации).

На этот раз Альфа-фолд предсказывает множество спиральных участков.

Это значит похожие белки исследовались с помощью РСА/ЯМР и т.д. и были приняты за спираль.

Это и есть спираль, но фрактальная, состоящая из чередующихся участков n*(1/4 витка альфа - 1/5 витка пи -)




   

Логика и данные   

1   2   3  4   5   6   7   8   9   10   11   12   13


 Увеличить


https://i.ibb.co/gTnBQ0t/20240329-001.png
Обнаружены сотни белков из организма Fasciola hepatica, которые представляют собой короткие, длинные и сверхдлинные пи-спирали: https://ibb.co/swBMcTs


https://i.ibb.co/M5X33Bj/0072-OLQ14332-1-P-0-b1.png
Сверхдлинные 310-спирали, как мы видим, современные методы структурного анализа обнаружить обычно не могут. Хотя Альфа-фолд уже нарисовал длинные спиральные участки: https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F3W3/entry
Понятно, что 310-спираль для современных методов обычно неотличима от пи-спирали и от альфа-спирали.


https://i.ibb.co/1n787PH/0020-OLQ14320-1-P-0-b1.png
Случаи, когда специалисты замечают более сложные фрактальные спирали типа этой (4442), скорее единичные, чем редкие.
Данные об этом белке в базе Uniprot: https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F3R7/entry


https://i.ibb.co/DrK0Ct7/OLQ14400.png

Идентификатор белка: OLQ14400.1
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F3Z7/entry
https://i.ibb.co/GQWHQZ2/0062-OLQ14400-1-P-0-b1.png
Альфа-фолд знает про сверхдлинные альфа-спирали!


Из двух десятков белков с фрактальными спиралями Кушелева, которые считаются официально бета-призмами, удалось найти одну структуру для которое есть структурные данные от Альфа-фолд. Данных РСА/ЯМР нет ни одной штуки для всех этих белков:
https://i.ibb.co/L9Kr4vN/20240327-003.png


https://i.ibb.co/CPTyZSC/XM-047259842-P-0-b1.png
Этот шедевр белковой архитектуры получен по файлу fasta


https://i.ibb.co/bPSh3Xt/20240327-001.png
Понятно, что эта фрактальная спираль пока неподвластна РСА: https://www.uniprot.org/uniparc/UPI001F5EEF38/entry


По похожему файлу fasta:      https://i.ibb.co/vxJ80Lk/20240327-002.png      получен другой тип структуры, альфа-спираль:
https://i.ibb.co/dtL09LS/XM-049996536-P-0-b1.png  Это гигантская прямая альфа-спираль, неподвластная РСА: https://www.uniprot.org/uniparc/UPI00211F06BD/entry


https://i.ibb.co/1n787PH/0020-OLQ14320-1-P-0-b1.png

Случаи, когда специалисты замечают более сложные фрактальные спирали типа этой (4442), скорее единичные, чем редкие.
Данные об этом белке в базе Uniprot: https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F3R7/entry


https://i.ibb.co/GQWHQZ2/0062-OLQ14400-1-P-0-b1.png
Альфа-фолд знает про сверхдлинные альфа-спирали, но ... не отличает их от пи-спиралей, т.к. опирается на методы, которые этого не могут...


https://i.ibb.co/RNXFjkP/0001-OLP78564-1-P-0-b1.png
Что об этом белке известно в Uniprot?
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9C6L0/entry
Нет данных о структуре. А если были бы, то должно называться бета-призмой. В реальности это - фрактальная 75-спираль Кушелева.


OLP87399
https://i.ibb.co/B4TWC1N/0006-OLP87399-1-P-0-b1.png
Это сверхдлинная фрактальная 75-спираль Кушелева (бета-призма по официальной классификации).


Альфа-фолд предсказывает множество спиральных участков: https://i.ibb.co/RQPDFmW/OLP87399.png
Подробнее: https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9CWX9/entry
Это значит похожие белки исследовались с помощью РСА/ЯМР и т.д. и были приняты за спираль. Это и есть спираль, но фрактальная, состоящая из чередующихся участков n*(1/4 витка альфа - 1/5 витка пи -)


https://i.ibb.co/N22pJh9/0192-KAK7002706-1-P-0-b1.png
Понятно, что фрактальных спиралей такого уровня в базе Uniprot скорее всего не найти.


https://i.ibb.co/Hnf2CcN/0540-KA

K6998077-1-P-0-b1.png

Фрактальные спирали такого уровня РСА/ЯМР вряд ли покажет...


https://i.ibb.co/YTyrf6h/0018-OLQ15527-1-P-0-b1.png
Подробнее: https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F792/entry
В базе Uniprot написано, что это - трансмембранный белок, представляющий собой участки спиралей, проходящих через мембрану клетки с поворотами. То, что это 310-спираль там не написано, но мы и так знаем, что РСА часто не может отличить тип спирали.


https://i.ibb.co/3d41WQq/1230-KAK6998767-1-P-0-b1.png
Давайте посмотрим, что об этом белке "знает" UniProt: "Sorry, no results were found!"


https://i.ibb.co/4VSLjZQ/1091-KAK7003605-1-P-0-b1.png
А про этот?
Как-то так: https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK7003605


https://i.ibb.co/pJSdJ57/1067-KAK7003581-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK7003581
Sorry, no results were found!


https://i.ibb.co/K7wB1hg/1060-KAK6998597-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK6998597
Sorry, no results were found!


https://i.ibb.co/gtQZxnZ/0894-KAK6998431-1-P-0-b2.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK6998431https://i.ibb.co/c31qtJw/0851-KAK6998388-1-P-0-b1.png


https://i.ibb.co/dWmsfJ0/0894-KAK6998431-1-P-0-b1.png
Sorry, no results were found!



https://i.ibb.co/vsSXnVR/1687-KAK6999224-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK6999224
Sorry, no results were found!


https://i.ibb.co/6WscQMY/0804-KAK7003318-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK7003318
Sorry, no results were found!


https://i.ibb.co/4fYWGgw/0808-KAK7003322-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK7003322
Sorry, no results were found!


https://i.ibb.co/Lxrg8HX/1407-KAK7003921-1-P-0-b2.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=KAK7003921
Sorry, no results were found!




https://i.ibb.co/30YyMmJ/APOA1-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/jRH3FQZ/TNNC2-RABITP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/qjhdPtQ/CCL5-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/WD1F3yq/LEG7-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/3SP0RyY/SAP3-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/fXCrVWh/ZBTB7-AP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/N9srtNy/MMOB-METCAP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/5T45cJt/BPT1-BOVINP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/zmDHQsb/PDGFB-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/vLjS2Nq/SAMP-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/L9sZJDD/DUS26-HUMANP-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/Y3gC7y4/AAA85332-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/VJSSmnR/AAB37341-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/X7MKK4T/BAG63403-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/mzVRDPN/AAA36635-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/Zx94ppP/CAA26933-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/JjZgYN2/CAA25295-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/CbhZkLL/CAA39889-P-0-b1.png
Корреляция 100%


https://i.ibb.co/DLnPJJg/20240327-000.png
Сводная таблица расчёта корреляции для этих белков.


https://i.ibb.co/fCgpbSJ/0075-OLQ15426-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F6X0/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/pLQF9NW/0094-OLQ15544-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F786/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/k0qt7mL/0098-OLQ15353-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F6P9/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/B4TWC1N/0006-OLP87399-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9CWX9/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/2d0SqMb/0004-OLQ15448-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F6X7/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/74zQTrF/0002-OLP78565-1-P-0-b2.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9C6P8/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/t4sWgyy/0029-OLQ14834-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F558/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%


https://i.ibb.co/R3CQS4g/0044-OLQ14887-1-P-0-b1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A1Q9F5G0/entry
Мембранный спиральный белок. Корреляция 100%







Фрактальная спираль - спираль, скрученная из спирали.


Пространственная структура до фолдинга третичной структуры - правильная вторичная структура в пространстве ( ~ 20 000  АО).


Таблица фрактальных спиралей










Наконец, удалось добраться до прямых результатов РСА для фрактальной спирали!
https://i.ibb.co/CWZT7z7/Q96JA1.png
https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q96JA1/entry






Речь идёт о внедрении готовых технологий. Я уже сегодня могу выполнять заказы, например, по определению структур транс-мембранных белков. Известно, что они спиральные, но конкретизировать тип спирали РСА/ЯМР не могут. А программа Пикотех показывает конкретный тип спирали. Это может быть альфа-спираль (показана красным цветом). Может быть 310-спираль (показана оранжевым), может быть пи-спираль (синяя), может быть бета-спираль (зелёная), может быть метиониновая спираль (сиреневая), а может быть фрактальная спираль, например, 75-спираль Кушелева. Она изображается чередованием цветов "розовый-голубой". Другие фрактальные спирали тоже "полосатые", а типов фрактальных спиралей очень много. И все они на 100% правильно показываются по таблице 3D генетического кода. Нетрудно догадаться, что после публикации серии статей появится лавина заказов на структуры белков, тем более, что бесплатных примеров опубликовано в рассылке более 200 000. Это даже больше, чем вся база белковых структур (PDB), которая насчитывает около 150 000 структур. А в рассылке опубликованы около 110 000 структур только белков человека. В каждом выпуске рассылки, где опубликованы очередные 200 белковых структур, я фактически дарю человечеству бесценную информацию о структурах этих белков. Ведь подавляющее большинство белков (около 97%) не кристаллизуются и поэтому недоступны для РСА. Их не могут определить ни за какие деньги. А я эти структуры дарю сотнями.

202420232017
За все время