В таблице 3D генетического кода каждому триплету кодирующей нуклеотидной последовательности соответствует не только аминокислота, но и вариант её установки в растущую структуру белка. Например, триплет GGC кодирует глицин в составе альфа-спирали, GGA – глицин в составе бета-спирали, GGG – глицин в составе 310-спирали, GGT – глицин в составе пи-спирали.
Файл Fasta и 2D диаграмма Пикотех
Файл Fasta и 2D диаграмма Пикотех
Альфа-фолд знает про сверхдлинные альфа-спирали!
Существующие "мокрые" методы анализа белковых структур обычно не отличают даже трёхгранную призму (фрактальную 75-спираль Кушелева) от других типов вторичной структуры (альфа-, пи-, 310-спиралей).
Сверхдлинные 310-спирали, как мы видим, тоже современные методы структурного анализа обнаружить обычно не могут. Хотя Альфа-фолд уже нарисовал длинные спиральные участки. 310-спираль для современных методов обычно неотличима от пи-спирали и от альфа-спирали.
Это сверхдлинная фрактальная 75-спираль Кушелева (бета-призма по официальной классификации).
На этот раз Альфа-фолд предсказывает множество спиральных участков.
Это значит похожие белки исследовались с помощью РСА/ЯМР и т.д. и были приняты за спираль.
Это и есть спираль, но фрактальная, состоящая из чередующихся участков n*(1/4 витка альфа - 1/5 витка пи -)