https://www.nature.com/articles/s41467-022-30390-9
Кодон-специфические графики Рамачандрана показывают, что конформация главной белковой цепи зависит от кодона
Рассылки Лаборатории Наномир, Выпуск 1323
(ГУГЛ знает)
У нас есть одна таблица - 3D генетический код и 1 таблица - результаты корреляционного анализа по 300+ белкам. Для "каких попало" белков средняя корреляция ~96%, для мембранных белков, представляющих собой длинные спиральные участки, корреляция 100%.Структура статьи-сообщения предельно проста.
Целью исследования была проверка гипотезы синонимичности генетического кода.Нулевая гипотеза: Если генетический код (2D код) синонимичен, то глицин в любой спирали (альфа, пи, бета, 310) будет встречаться закодированным любым из кодов: GGA, GGC, GGG, GGT.Проверка показывает, что эта гипотеза ошибочна. В альфа спирали глицин кодируется кодом GGC, в пи-спирали GGT, в 310-спирали GGG, в бета-спирали GGA.Таким же способом составляется вся таблица, т.е. для всех аминокислот.
Рис. 2 Различные предпочтения к образованию вторичных структур синонимичными кодонами проявляются в распределении двугранных углов. Из двух кодонов GTA и GTT, транслирующих валин, GTA имеет на 8 % меньшее предпочтение к β-моде и на 9,4 % большее - к α-моде. Предпочтения проявляются в относительных весах соответствующих мод на диаграмме Рамачандрана, что видно на представленных здесь предельных распределениях двугранного угла φ. Если добавить ограничение на вторичную структуру, то распределения двух синонимичных кодонов становятся неразличимыми. Благодаря учету вторичной структуры наш анализ становится устойчивым к различиям в распределении, возникающим из-за различий в предпочтениях. Показаны оценки плотности ядра, заштрихованные области обозначают 10-90% доверительного интервала, рассчитанных на 1000 случайных бутстрапов.
Кушелев: Проще говоря замена кодона при определённых условиях влияет на структуру белка. В случае синонимичности кодонов это невозможно. Не будем вдаваться в тонкости изощрённых методов, с помощью которых авторы статьи получили этот надёжный и убедительный результат. Обратим внимание лишь на сложность получения этого результата на основе данных рентгеноструктурного анализа, который, например, не отличает альфа-спираль от пи-спирали и от фрактальной спирали Кушелева. Из-за этого трудно заметить влияние кодонов, формирующих 1/4 альфа-спирали от влияния кодонов, формирующих 1/5 пи-спирали. Ведь рентгеноструктурный анализ их не различает. Более того, многие вторичные структуры, состоящие из участков альфа-спиралей, специалисты по РСА считают состоящими из бета-цепей. В связи с этим банк белковых структур (PDB) "зашумлён" систематическими ошибками. Тем не менее, мощные методы исследования помогли авторам обнаружить зависимость структуры главной белковой цепи от замены кодонов на "синонимы". Теперь мы можем смело ссылаться из статьи "3D генетический код" на книгу "Пикотехнология белков", т.к. существование 3D генетического кода надёжно подтверждено опровержением гипотезы синонимичности кодонов. А это значит, что нет необходимости срочно писать всю серию статей от "Кольцегранные модели молекул" и далее. Можно писать сразу статью "3D генетический код" со ссылками на книгу "Пикотехнология белков", в которой опубликована таблица 3D генетического кода. Обоснование 3D генетического кода, как мы видим, уже есть, а проверку конкретной таблицы мы опубликуем в статье в виде результатов корреляционного анализа.
Проверка корреляции подтверждает наличие 3D генетического кода (см. вложенный файл)