Публикации
Программа Пикотех помогает биологам делать научные открытия
Монография, статьи
ЧИТАТЬ ОНЛАЙН Монография посвящена 3D-структуре молекул и полимеров живых систем. Дан анализ современного понимания таких фундаментальных понятий, как физический объём атома, химическая связь, генетический код. На основе статистического анализа экспериментальных данных о структуре белка обосновано кодирование его вторичной структуры и структурного полипептидного шаблона в геноме. Предложена дополненная таблица генетического кода белков и пептидов, которая легла в основу геометрического алгоритма программ декодирования структурного шаблона белка Molecular Constructor и Picotech. Сформулирована гипотеза о перекодировании информации третьего нуклеотида кодона в соответствующий ротамер пептидной связи непосредственно 3D-структурой изоакцепторной тРНК. Математический анализ сопряженности значений углов φ и ψ (карта Рамачандрана) выявил периодичность их изменения, что позволило обосновать механизм посттрансляционного фолдинга белка.
Книга рассчитана на специалистов, занимающихся исследованиями в области молекулярной биологии, биоинформатики, биохимии, биофизики.
Табл.: 36 . Ил.:117 . Библиогр.: 227 назв.
2. Кушелев А.Ю., Соколик В.В. Пикотехнология – новый подход в моделировании пространственной структуры белка / Заочная Международная научно-практическая конференция «Современная наука: тенденции развития» (24 января 2012), Краснодар: НИЦ Априори. – 2012. – С.203-207.
5. Kushelev A.Y., Pisarzhevsky S.A. The construction of the scale model of the spatial structure of the protein on its nucleotide sequence. // "Молекулярная биология" (не опубликована).
6. Кожевников Д.Н. Кольцегранные модели молекул. Журн. физ. химии. - 1996. - Т. 70. - No 6. - С. 1134-1137.
7. Кожевников Д.Н. Использование моделирования в обучении в контексте понимания и усвоения категории сложности. // Вестник Московского университета. Серия 20. Педагогическое образование. - 2015, N3 (июль-сентябрь). - с.21-34. -
8. Назарова Т.С., Тихомирова К.М., Кудина И.Ю., Кожевников Д.Н. Теоретические основы стандарта учебно-материальной базы общего среднего образования. (Федер.гос. науч. учреждение "Ин-т содерж. и методов обучения" РАО). - М.: Нестор-История, 2014. - 168с.
9. Кожевников Д.Н. Криволинейные контурные конструкторы "Крикоко" и "Тайкон". Методические рекомендации по использованию. - м.: МГДД(ЮТ)Т, 2013. - 72с.
10. КОЖЕВНИКОВ Дмитрий Николаевич. Создание и использование комплекса моделей атомов и молекул для изучения строения вещества в курсе химии средней школы. 13.00.02 – теория и методика обучения и воспитания (химии в общеобразовательной школе) (по педагогическим наукам). Диссертация на соискание ученой степени кандидата педагогических наук. Научный руководитель: член-корреспондент РАО, доктор педагогических наук, профессор Назарова Т. С. Москва - 2004
11. V.V.Sokolik. “Implementation of the 3D genetic code of proteins is isoacceptor tRNAs”, Journal Medical and Clinical Chemistry. 2019.V. 21, No. 3 (Appendix). P. 46-47. ISSN 2410-681X)
12. В. Соколик. СТРУКТУРНЫЕ ПРЕДПОСЫЛКИКИ АГРЕГАЦИИ БЕТА-АМИЛОИДНОГО ПЕПТИДА Украiнський вiсник психоневрологii – 2009. – Т.46, вип.8.- С. 116—121.
13. Sokolik. Modeling of the 3D structure of apoliprotezin E3 under its determining nucleotide sequence. III International Conference "Actual problems of biology, nanotechnology and medicine". Theses of reports (October 1-4, 2009), Rostov-on-Don. - P. 54.
15. В.В. Соколик "Никакой дополнительной информации, большей, чем та, что содержится в ДНК, для сворачивания белка не требуется" Матеріали ХІ Укріїнського біохімічного конгресу (06-10 жовтня 2014), The UkrainianBiochemical Journal, 2014, V. 86, №5 (Supplement 1), P. 37-38.
16. Соколик В.В. Пространственная структура гомологов основного актина и бета-актина 1 различна. - Материалы I Международной научно-практической конференции "Наука и современность - 2010" в 3-х частях (Под общ. ред. С.С.Чернова). Часть 1. - Новосибирск: Сибпринт, 2010. - с.41-46(278с.).
17. В.В. Соколик "Никакой дополнительной информации, большей, чем та, что содержится в ДНК, для сворачивания белка не требуется" Матеріали ХІ Укріїнського біохімічного конгресу (06-10 жовтня 2014), The Ukrainian Biochemical Journal, 2014, V. 86, №5 (Supplement 1), P. 37-38.
18. Соколик В.В. Кодирование вторичной структуры и структурного шаблона белка в геноме эукариот / НАУЧНЫЙ ФОНД "БИОЛОГ", Ежемесячный научный журнал. – 2014. – № 3. – С. 73-76.
19. Соколик В.В. Никакой дополнительной информации, большей, чем та, что содержится в ДНК, для сворачивания белка не требуется / Ukr. Biochem. J., 2014. – 86, 5 (Suppl. 1) Матеріали ХІ Укріїнського біохімічного конгресу (06-10 жовтня 2014), Київ, c. 37-38
20. Соколик В.В. Предсказание пространственной структуры белка insilico на основе информации генома и геометрического алгоритма – альтернатива квантово-механическому подходу // Материалы Международной научной конференции «Математическое и компьютерное моделирование в биологии и химии. Перспективыразвития» (28-30 мая 2012), Казань. – 2012. – С.155-158.
21. Sokolik V.V. Protein is coded in genome and synthesized in ribosomes as a structural template of a rotameric version sequence of peptide bound configuration // The International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, МССМВ-11, Moscow. – 2011. – P. 347–348.
22. Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.
23. Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of protein on determining it nucleotide sequences // VII Международнаяконференцияпобиоинформатике, регуляцииструктурыгеномовисистемнойбиологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.
24. Соколик В.В. Способ моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности // Биофизический вестник. – 2010. – Вып. 24 (1). – С. 31-45.
25. Соколик В.В. Геометрия аминокислот / Материалы XV Международной научно-практической конференции «Наука и современность – 2012» (НС-15), (14 марта 2012), Новосибирск. – 2012. – С. 13-18.
26. Соколик В.В. Загадка изоакцепторных тРНК / Материалы II Всероссийской Интернет-Конференции «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологии» (15-18 ноября 2011), Казань, Россия. – С. 11-15.
27. Соколик В.В. Кодирование торсионного угла ω пептидной связи в белке / IV Международная конфер. "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины". (22-25 сентября 2011), Ростов-на-Дону. – С. 60-61.
28. Соколик В.В. Карта Рамачандрана: ротамерия пептидной связи и фолдинг белка / Материалы VII Международной научно-технической конференции «Актуальні питання біологічної фізики і хімії». Тезисы докладов БФФХ-2011 (26-30 апреля 2011 г.), Севастополь.– С.137-139.
29. Соколик В.В. Ротамерные варианты конфигурации пептидной связи и их кодирование в геноме / Матеріали X Українського біохімічного з’їзду. Тези доповідей (13—17 вересня 2010 р.), Одеса. – С. 105-106.
30. Соколик В.В. Пространственная структура гомологов основного актина и α-актина 1 различна / Сборник материалов I Международной научно-практической конференции «Наука и современность – 2010» в 3-х частях / Под общ. ред. С.С. Чернова - Новосибирск: «СИБПРИНТ», 2010. – 278 с. Ч. 1, С. 41-46.
32. Соколик В.В. Моделирование пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности / Материалы VI Международной научно-технической конференции «Актуальні питання теоретичної і прикладної біофізики, фізики і хімії». Тезисы докладов БФФХ-2010 (26-30 апреля 2010 г.), T.1, Севастополь.– С.201-204.
32. Cоколик В.В. Кодирование вторичной структуры и структурного шаблона белка в геноме эукариот / НАУЧНЫЙ ФОНД "БИОЛОГ", Ежемесячный научный журнал. – 2014. – № 3. – С. 73-76.
33. Соколик В.В. Никакой дополнительной информации, большей, чем та, что содержится в ДНК, для сворачивания белка не требуется / Ukr. Biochem. J., 2014. – 86, 5 (Suppl. 1) Матеріали ХІ Укріїнського біохімічного конгресу (06-10 жовтня 2014), Київ, c. 37-38
34. Соколик В.В. Предсказание пространственной структуры белка insilico на основе информации генома и геометрического алгоритма – альтернатива квантово-механическому подходу // Материалы Международной научной конференции «Математическое и компьютерное моделирование в биологии и химии. Перспективыразвития» (28-30 мая 2012), Казань. – 2012. – С.155-158.
35. Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.
36. Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of protein on determining it nucleotide sequences // VII Международнаяконференцияпобиоинформатике, регуляцииструктурыгеномовисистемнойбиологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.
37. Соколик В.В. Способ моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности // Биофизический вестник. – 2010. – Вып. 24 (1). – С. 31-45.
38. Соколик В.В. Геометрия аминокислот / Материалы XV Международной научно-практической конференции «Наука и современность – 2012» (НС-15), (14 марта 2012), Новосибирск. – 2012. – С. 13-18.
39. Соколик В.В. Загадка изоакцепторных тРНК / Материалы II Всероссийской Интернет-Конференции «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологии» (15-18 ноября 2011), Казань, Россия. – С. 11-15.
40. Соколик В.В. Кодирование торсионного угла ω пептидной связи в белке / IV Международная конфер. "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины". (22-25 сентября 2011), Ростов-на-Дону. – С. 60-61.
41. Соколик В.В. Карта Рамачандрана: ротамерия пептидной связи и фолдинг белка / Материалы VII Международной научно-технической конференции «Актуальні питання біологічної фізики і хімії». Тезисы докладов БФФХ-2011 (26-30 апреля 2011 г.), Севастополь.– С.137-139.
42. Соколик В.В. Ротамерные варианты конфигурации пептидной связи и их кодирование в геноме / Матеріали X Українського біохімічного з’їзду. Тези доповідей (13—17 вересня 2010 р.), Одеса. – С. 105-106.
43. Соколик В.В. Пространственная структура гомологов основного актина и α-актина 1 различна / Сборник материалов I Международной научно-практической конференции «Наука и современность – 2010» в 3-х частях / Под общ. ред. С.С. Чернова - Новосибирск: «СИБПРИНТ», 2010. – 278 с. Ч. 1, С. 41-46.
