Программируем декодер кода белка в 3D структуру
Модель фрактальной спирали из суставно-стержневого конструктора.
Это - фрагмент фрактальной спирали, состоящий из двух прямых участков пи-спирали (по 10 аминокислотных остатков), соединённых прямым альфа-спиральным усастком.
Вид вдоль оси одного из пи-спиральных участков.
Красной трубочкой отмечена единственная водородная связь, стабилизирующая альфа-спиральный участок, т.е. соединяющая его первый остаток с 4-ым.
Связи С-Сальфа показаны белыми трубочками. На участках пи-спирали эти трубочки с голубыми и зелеными полосками, а на участке альфа-спирали эти трубочки с красными и желтыми полосками.
Модель из суставно-стержневого конструктора показала, что угол между осями симметрии пи-спиральных участков примерно 120 градусов. При этом оси не пересекаются, а скрещиваются. Интересно будет посмотреть пространственную модель всей фрактальной спирали белка KAI8778976.1 Предварительный анализ показал, что фрактальная спираль имеет один излом, образуя острый угол. Возможно, что из таких субъединиц может сложиться звездчатая призма, имеющая центральный канал большого сечения и боковые каналы по числу лучей звезды.
Ранее в рассылке были опубликованы модели фрактальных спиралей белков, которые могли являться спиральными физико-химическими реакторами ультравысокого давления. На этот раз может оказаться, что существуют и звёздчатые реакторы гипервысокого давления. Это связано с тем, что центральный канал звездчатой призмы окружен более мелкими каналами, которые могут выдерживать давление первого уровня. При этом центральный канал может выдержать более высокое давление, т.к. окружён каналами высокого давления. Это мы попытаемся проверить в ближайшем будущем.
Компактная 3D графика структурного шаблона аминокислоных остатков
Компьютерная 2D модель белка 0318_KAI 8118976.1
А теперь попробуем построить пространственную модель по этой схеме вторичной структуры. Красным цветом выделены альфа-спиральные участки, синим - пи-спиральные.
Так выглядит эта фрактальная спираль, состоящая из участков альфа- и пи-спиралей. Вид вдоль оси симметрии Каждый участок альфа-спирали состоит из 4 остатков, а каждый участок пи-спирали из 10.
Та же фрактальная 4-альфа-10-пи-спираль. Вид сбоку. Виртуальный суставно-стержневой конструктор Кушелева-Дементьевой позволяет уточнять транспозиционные углы на изломах спиралей. Эта юстировка углов заменяет физическое моделирование под названием "докинг". Соседние витки фрактальной спирали в этом процессе стабилизируются межвитковыми связями, образованными радикалами аминокислотных остатков.
Пространственные модели 57 (альфа-пи) Q-спирали
Кольцегранная модель
|
