Пикософт

2017.01.02 01:54:19

Татьяна Рясина пишет:

Универсальный «переключатель» для светочувствительных клеток
https://mipt.ru/newsblog/lenta/versatil … lled_cells

"Кристаллическая структура натриевого насоса"

2017.04.22   10:57:13

Татьяна Рясина пишет:

По поиску    -    структура белка KR2 - находится

https://www.google.ru/search?q=%D0%B1%D … %D0%B0+KR2

Кушелев:

На уровне вторичной структуры очевидно, что нет там альфа-спиралей, заявленных в PDB.

2017.04.07 21:14:03

Татьяна Рясина пишет:

Вы могли бы сделать 2D, 3D, 4D структуру белка KR2 на обновлённой версии Пикотеха?

Кушелев: Так новая версия ещё не готова. Программист сильно занят. Пока нашёл время только на усовершенствование 2D-версии. Но даже на этом уровне хорошо видно, что РСА не "видит" даже вторичную структуру белка. Поэтому исследователи заполняют её кусками альфа-спиралей "от фонаря" 

А реальная структура совсем другая.

Я конечно, могу запустить определение третичной структуры на старой версии Пикотех, но может быть много ошибок. Запускать?

2017.04.07 22:09:11

Татьяна Рясина пишет:

А самые новые апрельские структуры Вы в старой версии делаете?
Чисто житейски лучше конечно подождать версию без ошибок.
А потом выслать профессуре МФТИ.

Куешелев:

Да, пока в старой. Для спиральных участков это обычно "прокатывает", но тоже не всегда. Программные спирали бывают разные...

2017.04.08 14:13:08

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Татьяна Рясина пишет:

Пикотехнология тоже, как и РСА, показывает этот самый натриевый насос в белке KR2, и если да, то как?

Кушелев:

Для ответа на этот вопрос нужно исправить ошибки, т.е построить правильную 3D-модель этой белковой молекулы. Для этого нужна интерактивная версия программы Пикотех, которая уже запланирована, но будет создана не очень скоро. Программист сильно занят зарабатывание денег на жизнь, поэтому программами может заниматься раз в неделю по полчаса. Такими темпами можно год и больше писать интерактивную версию Пикотех-3D.

2017.04.07 22:08:32

Татьяна Рясина пишет:

Но конечно хочется в старой версии увидеть тоже ))))

Кушелев: Сейчас попробую сделать

2017.04.07 22:39:56

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4XTN

http://www.uniprot.org/uniprot/N0DKS8

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BAN14808

>ENA|BAN14808|BAN14808.1 Dokdonia eikasta sodium pumping rhodopsin
ATGACACAAGAACTAGGGAATGCCAATTTCGAAAATTTCATTGGAGCTACAGAAGGATTT
TCTGAAATTGCTTATCAATTTACATCACATATCCTTACGTTAGGGTACGCAGTGATGCTT
GCAGGATTACTATACTTTATCCTTACCATCAAAAATGTAGATAAAAAATTCCAAATGTCG
AACATATTATCAGCTGTGGTAATGGTATCGGCATTTTTGCTATTATATGCGCAGGCACAA
AACTGGACATCCAGTTTTACCTTTAATGAAGAAGTAGGAAGATATTTTTTAGATCCGAGT
GGTGATCTATTTAATAACGGATATCGCTATCTTAACTGGCTCATCGATGTACCTATGCTT
CTCTTTCAAATTCTATTTGTAGTAAGTTTAACTACTTCAAAATTTAGCTCTGTACGTAAC
CAATTCTGGTTTTCTGGGGCAATGATGATTATTACTGGGTACATTGGACAGTTTTATGAG
GTAAGTAACTTGACTGCCTTTTTAGTATGGGGAGCTATTTCATCTGCTTTTTTCTTCCAT
ATTTTATGGGTTATGAAGAAGGTAATTAATGAAGGAAAAGAGGGGATTTCCCCAGCAGGA
CAAAAAATACTTTCTAATATCTGGATCTTATTTTTAATATCATGGACTTTATATCCAGGA
GCTTACTTAATGCCATACCTTACTGGAGTAGACGGATTTTTATATAGTGAAGATGGCGTG
ATGGCTAGACAACTAGTATACACTATTGCAGATGTAAGTTCTAAAGTTATCTATGGTGTA
TTATTAGGTAACCTAGCAATTACATTAAGTAAAAACAAAGAGTTGGTTGAAGCAAATAGC
TAA

2017.04.07 22:39:56   

Кушелев: По данным РСА - сплошные альфа-спирали, а программа Пикотех показывает пи-спирали и программные спирали. Во всей структуре попался только один виток альфа-спирали и 4 одиночных витка 310-спирали.

Понятно. Четвертичную структуру с пятеричной симметрией разглядели, а третичную структуру заполнили альфа-спиралями, которых в этом белке нет. Надо будет построить 3D модель, когда ошибки в 3D-версии Пикотех будут исправлены.

2D структура определятеся без ошибок.

2D структура с музыкальным кодом, Пикотехнология в обновлённой версии март-апрель 2017: 

3D структура может содержать ошибки.

В настоящее время  Пикотехнология проходит отладку в связи с обновлениями алгоритма, в несённым начиная с яваря 2017 года.

Оценка доходности Пикософта

Купить книгу "Пикотехнология белков"

2017.04.08 14:22:52

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Татьяна Рясина пишет:

есть ли некие результаты, который можно увидеть с помощью Пикотеха по  научной проблематике, которые исследователи сами увидеть не могут в силу ограниченности всей системы их методов? 

Кушелев: Во-первых, можно показать им правильную вторичную структуру белков. Это поможет им сделать серию научных открытий. Во-вторых, можно дать послушать им музыку сборки белков. Это тоже может привести к серии научных открытий. Ведь на слух можно быстро определить расположение активных центров белковых молекул...

2017.04.08   20:36:10

Татьяна Рясина пишет:

по чём будут идти 3D структуры  с сайта?

Кушелев:

Надо сделать дешевле, чем по старой технологии (10 000 евро), точнее, быстрее, и в более полном объёме,

т.е. не 3% структур, как даёт РСА, а 100% всех белков.

К 2023 год производительность компьютеров выросла, в день можно стало определять 10 000 структур, интернет пережил революционные изменения.

В 2023 года для внедрения Пикотехнологии актуальны публикации в западных рецензируемых журналах с указанием ссылок на программы моделирования структур белков, а не лицензирование .

Прогноз доходности на 2015 год

Зато потом можно будет ежедневно выполнять заказы на миллион евро и даже больше.  Организовать это могут опытные менеджеры. 

2016.12.16 13:22:27

В чём открытие ?

Расширенная программируемая архитектура белков

Алгоритм построения 3D структур требует уточнения композиционных углов

Ключи от генома найдены

Композиционный генетический код, открытие 1992 года

Музыка белков

Таблица митохондриального генетического кода и углы поворота белковых спиралей

Кодируется ли тип спиралей белков композиционным генетическим кодом? Точность и стоимость РСА. Самоповерка пикотехнологии.

Январь 2017. Кушелевские структемы генетического кода белкового мира и мультикомпозиционный код

2016.12.13 20:17:39

[20:12:40] Andrei: в чем открытие?
[20:12:49] Andrei: комбинация кодонов?
[20:17:14] Кушелев Александр Юрьевич: Открытие заключается в том, что три буквы кодируют не только аминокислоту, но и угол поворота этой аминокислоты относительно предыдущей:

[20:17:59] Кушелев Александр Юрьевич: Этот угол (и формы аминокислот) как раз и открывают возможность определять структуры белков по таблице
[20:18:08] Andrei: а что не знали что углы есть?
[20:18:17] Кушелев Александр Юрьевич: Знали
[20:18:23] Кушелев Александр Юрьевич: Но не знали, что эти углы кодируются

РСА : Что мы видим?

2017.04.05    09:13:19

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Татьяна Рясина пишет:

Как кратко пояснить, зачем нужен сайт с готовыми моделями? 

Люди вообще слышат и видят в первый раз в жизни.

Кушелев:

Ежедневно на нашей планете кто-то оплачивает не менее 30 заказов по структурам белковых молекул. Это видно по увеличению количества белков в Protein Data Base (PDB). За каждую структуру платят в среднем 10 000 евро и ждут от нескольких недель до нескольких лет.

Структуры нужны фармацевтам, биотехнологам, генным инженерам. Потенциальных заказчиков можно найти по ключевым словам protein, nanotech

РСА (ЧЕРЕЗ ПОИСК ФОРУМА ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР)

Рентгенограммы РСА 2016.12.16 02:27:47

Результаты анализа рентгенограмм РСА 2016.12.16 02:37:23

97% белков не кристаллизуеся. Системные ошибки РСА 2016.12.16 02:45:32

РСА может показать чего нет и не показать что есть  2016.12.26 23:36:22

РСА цены 2016.12.21 21:15:50  ,  2016.12.21 20:07:17 , 2016.12.21 20:07:17

Точность РСА 2016.12.21 17:59:55  ,  2016.12.15 22:00:22 ,  2016.12.15 22:00:44 ,   2016.12.14 12:38:03  ,  2016.12.21 14:31:08

Корреляция данных РСА с Пикотех  2016.12.18 14:41:58

РСА стремится к Пикотех 2016.12.19 15:18:09

Лауэграммы и ренгенограммы 2016.12.14 17:40:20 , 2016.12.14 18:21:50 

Молекула лизоцима 2016.12.14 20:27:43

2016.12.21 21:05:30

http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/

Цитата: Фотоотчет о выращивании белковых кристаллов на МКС во время 12-й экспедиции с 1 октября 2005 по 8 апреля 2006 года. Рост одного кристалла занимал 25 дней. Фото: NASA

2016.12.21 21:15:50

[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.
[21:04:47] Кушелев Александр Юрьевич: Вам эти фразы должны понравиться:

"из невразумительных точек и кругов с помощью специальных математических преобразований получают информацию о расположении атомов. Для неспециалистов выглядят как шарлатанство. Даже если решетка несложной формы, эта задача непростая, но все честно." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[21:09:54] Кушелев Александр Юрьевич: При большом везении при переборе 600 условий кристаллизации найдется 1–2 раствора, в которых появятся кристаллы. Как правило, на первом этапе они небольшие, непрозрачные и совершенно неправильной формы, то есть не подходящие для рентгеноструктурного анализа.
[21:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вот ещё цитата о цене белкового кристалла:  На получение одного кристалла белка ученые могут потратить десятки тысяч евро, а фармацевтические компании готовы заплатить еще большие деньги за подробную информацию о структуре какого-нибудь важного для медицины белка — «замка», к которому можно подбирать «отмычку» — лекарство.

2016.12.21 20:07:17

[19:54:52] Кушелев Александр Юрьевич: Например, узнайте цену структуры белка, кристалл которого нужно выращивать 2 года 
[19:55:12] Andrei: речь не обо мне а о вас, знаете ли вы цену или просто придумываете 
[19:59:00] Кушелев Александр Юрьевич: Мне сказали цену специалисты из лаборатории РСА
[19:59:15] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, почитайте ещё раз, как проводится анализ: http://bio.1september.ru/view_article.php?ID=200900401
[20:00:25] Andrei: Сказать это одно, а заказать другое:)
[20:01:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот сюда позвоните и спросите, сколько будет стоить кристаллизация белка (минимум и максимум): http://www.piboc.dvo.ru/structure/ext_l … ristal.php
[20:03:14] Andrei: Ладно, это мелочь
[20:03:31] Andrei: Надо искать кому это нужно и зачем
[20:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам конкретные данные:  "со ста двадцатью образцами работа еще даже не начиналась. На их восстановление потребуется не меньше полумиллиона долларов и от нескольких недель до нескольких месяцев работы." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[20:04:08] Кушелев Александр Юрьевич: 120 кристаллов белка - 500 000 долл.
[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.