Проект он-лайн сервиса "Структура белка по нуклеотидной последовательности"

Разработка сервиса Пикософт-Онлайн требует 2 недели работы программиста Лаборатории Наномир,

затраты составляют оценочно 200 000 рублей. Работающий сервис Пикософт-онлайн

позволит в течение одного года получить валовый доход,

сопоставимый со стартовой стоимостью лицензирования NCBI.

Валовый доход за первый год работы сайта Пикософт-онлайн

реинвестируется в лицензирование Пикотехнологии в NCBI.

По пронозным оценкам валовый доход сервиса ежегодно составит от 12 000 у.е. в год.

Сервис Пикософт-онлайн является отправным пунктом для последующего международного продвижения

Пикотехнологии . Если Вас заинтересовала коммерческая перспектива сервиса

Пикософт-онлайн - как сама по себе так и в качестве отправного пункта для последующего

международного развития Пикотехнологии белков - направьте пожалуйста Вашу краткую заявку со

страницы "Заявка инвестора" или на почту нашего сайта через форму "Написать письмо"

В заявке укажите, какую долю от стомости разработки сервиса Пикософт-Онлайн вы хотели бы вложить.

Список заинтересованных участников будет пополняться по мере поступления заявок.

2017.04.08 20:36:10

Татьяна Рясина пишет:

по чём будут идти 3D структуры с сайта?

Кушелев:

Надо сделать дешевле, чем по старой технологии (10 000 евро), точнее, быстрее, и в более полном объёме,

т.е. не 3% структур, как даёт РСА, а 100% всех белков.

2017.03.23 19:04:59

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 504

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Skype:

[22.03.2017 18:49:44] Кушелев Александр Юрьевич: А список меню постепенно растёт...
1. 2D-структура в новом формате.
2. Файл в стандарте MIDI
3. Компактный файл fasta (с отработанными Join и Complement)
4. Компактный файл dne/embl (только идентификатор белка и входной код. С простым CDS 1..n)
5. 2D-структура в старом формате (как сейчас) с разбивкой по 1000 строк.
6. Композиционный код-6
7. Композиционный код-4

Дополнительно

8. Компактная запись вторичной структуры с раскрашиванием триплетов

2017.04.08 02:44:58 Раскрашивание триплетов по алгоритму вторичной структуры экономит время.

2017.04. 07 22:06:28 Раскрашивание триплетов входной последовательности позволяет сразу копировать код интересной структуры для дальнейшей обработки.

2017.04.07 15:05:13

2017.04.17 11:49:20

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 155

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 3PJ5H0S013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1049454220

>ENA|SBT74786|complement 17955 nucleotides

Программная 233555-спираль с одиннадцатиричной симметрией.

Удлиним...

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/ … e_orig.png

Вчера 15:24:18

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 018

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Фрактальные спирали белков

Удлиним участок спирали, чтобы посмотреть, как будет выглядеть несколько витков

Это - фрактальная спираль, т.е. спираль из спирали. Аналогичную структуру имеют кварки:

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1365/

2017.04.07 16:30:45

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 942

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Ключи от генома найдены!

Кушелев: Ключи от генома работают!

Ищем: VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … F163M9Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202806

>ENA|OLQ05543|259 nucleotides (fragment)
ttattggttggttggttggttggtcggtcggttggttggctgattggctggttggctggt
tggtgggttggtgggttggtgggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
ttggttggttggttggttg

2017.04.18 10:39:36

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 160

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/80 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808137793

>ENA|XP_012171147|4407 nucleotides

Программная 5352-спираль с десятиричной симметрией.

Сегодня 10:57:17

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 162

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966919

>ENA|XP_016159448|1578 nucleotides

Прямая альфа-спираль длиной 500(!) одинаковых аминокислотных остатков Pro.

Сегодня 11:20:14

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 163

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966125

>ENA|XP_016159174|1533 nucleotides

В этом белке прямой альфа-спиральный участок на полсотни аминокислотных остатков короче.

Интересно, зачем нужен этот излом прямой альфа-спирали?

2017.04.17 10:58:37

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 152

QNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNE

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … 3PJ5H0S013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

>ENA|CDO63981|complement 2670 nucleotides

Вчера 13:34:33

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 156

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 3PJ5H0S013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1037140091

>ENA|SBS85453|4629 nucleotides

Рассмотрим фрагмент:

Обратите внимание, как точно замыкается цикл Asp432...Met441

2017.04.17 10:23:11

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 159

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/31 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/310757913

>ENA|ADP16330|complement 3063 nucleotides

вернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/1 … 3_orig.png

Антипараллельные альфа-спиральные участки. Именно так изображают сегодня практически все белковые молекулы в Protein Data Base, но в действительности так выглядит только один тип белковых молекул, а специалисты по РСА пытаются заполнять альфа-спиралями большинство моделей белков, что является систематической ошибкой.

Фрагмент:

Снова мы видим антигомологичный участок. Из одинаковых аминокислотных остатков собрана сложная конструкция с чередованием разных композиционных кодов.

Браузер показывает спираль переменного радиуса (коническую). Вероятно, он вычисляет радиус спирали с учётом радикалов аминокислотных остатков.

Рассмотрим этот фрагмент подробнее...

Любопытно, что радиус пептидных групп увеличивается, т.к. 310-спираль перешла в альфа-спираль, но, вероятно, из-за радикалов браузер показывает уменьшение радиуса спирали в конце фрагмента.

2017.04.10 22:01:44

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … PG4YMDD013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1147196514

>ENA|XP_020045571|5904 nucleotides

Кушелев: Пикотехнология помогла восстановить экспериментальные данные!

2017.04.18 20:39:47

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 165

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966127

>ENA|XP_016159175|1557 nucleotides

2017.04.18 20:44:20

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1158926006

>ENA|XP_020310926|1548 nucleotides

Кушелев: Обратите внимание на параллельность крайних участков ломаной пролиновой спирали.

2017.04.18 20:50:59

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/82 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/820852004

>ENA|XP_012343509|4566 nucleotides

2017.04.18 21:01:50

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/80 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808137791

>ENA|XP_012171146|4629 nucleotides

Фрагмент:

2017.04.18 21:08:12

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/57 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1032010406

>ENA|XP_006565803|4308 nucleotides

Фрагмент:

2017.04.18 21:22:11

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/30 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/302829403

>ENA|XP_002946269|7917 nucleotides

Фрагмент:

Программная 23-спираль с одиннадцатиричной симметрией аксиальной проекции. Как видим полипролин может встречаться как в виде прямой или ломаной альфа-спирали, так и в виде программной 23-спирали, и вообще как программная произвольная форма.

2017.04.19. 22:34:35

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Ищем 48 символов D подряд

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Нашёлся единственный(!) белок:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … CT76DGC016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1039188425

>ENA|OBQ31849|complement 529 nucleotides
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgacgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatg

Кушелев: Интересно, зачем нужен такой экзотический белок? Сверхдлинная пи-спираль с одним изломом.