Высоко периодичные структуры белков
Структура белка KR2. Альфа спиралей нет
2017.04.08 20:36:10
Татьяна Рясина пишет:
по чём будут идти 3D структуры с сайта?
Кушелев:
Надо сделать дешевле, чем по старой технологии (10 000 евро), точнее, быстрее, и в более полном объёме,
т.е. не 3% структур, как даёт РСА, а 100% всех белков.
2017.03.23 19:04:59
Пикотехнология белков, ДНК, РНК
[22.03.2017 18:49:44] Кушелев Александр Юрьевич: А список меню постепенно растёт...
1. 2D-структура в новом формате.
2. Файл в стандарте MIDI
3. Компактный файл fasta (с отработанными Join и Complement)
4. Компактный файл dne/embl (только идентификатор белка и входной код. С простым CDS 1..n)
5. 2D-структура в старом формате (как сейчас) с разбивкой по 1000 строк.
6. Композиционный код-6
7. Композиционный код-4
Дополнительно
8. Компактная запись вторичной структуры с раскрашиванием триплетов
2017.04.08 02:44:58 Раскрашивание триплетов по алгоритму вторичной структуры экономит время.
2017.04. 07 22:06:28 Раскрашивание триплетов входной последовательности позволяет сразу копировать код интересной структуры для дальнейшей обработки.
2017.04.07 15:05:13
2017.04.17 11:49:20
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 3PJ5H0S013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1049454220
>ENA|SBT74786|complement 17955 nucleotides
Программная 233555-спираль с одиннадцатиричной симметрией.
Удлиним...
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/ … e_orig.png
Фрактальные спирали белков
Удлиним участок спирали, чтобы посмотреть, как будет выглядеть несколько витков
Это - фрактальная спираль, т.е. спираль из спирали. Аналогичную структуру имеют кварки:
2017.04.07 16:30:45
Ключи от генома найдены!
Кушелев: Ключи от генома работают!
Ищем: VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … F163M9Y013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202806
>ENA|OLQ05543|259 nucleotides (fragment)
ttattggttggttggttggttggtcggtcggttggttggctgattggctggttggctggt
tggtgggttggtgggttggtgggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
ttggttggttggttggttg
2017.04.18 10:39:36
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/80 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808137793
>ENA|XP_012171147|4407 nucleotides
Программная 5352-спираль с десятиричной симметрией.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966919
>ENA|XP_016159448|1578 nucleotides
Прямая альфа-спираль длиной 500(!) одинаковых аминокислотных остатков Pro.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966125
>ENA|XP_016159174|1533 nucleotides
В этом белке прямой альфа-спиральный участок на полсотни аминокислотных остатков короче.
Интересно, зачем нужен этот излом прямой альфа-спирали?
2017.04.17 10:58:37
QNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNEQNE
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … 3PJ5H0S013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791
>ENA|CDO63981|complement 2670 nucleotides
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 3PJ5H0S013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1037140091
>ENA|SBS85453|4629 nucleotides
Рассмотрим фрагмент:
Обратите внимание, как точно замыкается цикл Asp432...Met441
2017.04.17 10:23:11
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/31 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/310757913
>ENA|ADP16330|complement 3063 nucleotides
вернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/1 … 3_orig.png
Антипараллельные альфа-спиральные участки. Именно так изображают сегодня практически все белковые молекулы в Protein Data Base, но в действительности так выглядит только один тип белковых молекул, а специалисты по РСА пытаются заполнять альфа-спиралями большинство моделей белков, что является систематической ошибкой.
Фрагмент:
Снова мы видим антигомологичный участок. Из одинаковых аминокислотных остатков собрана сложная конструкция с чередованием разных композиционных кодов.
Браузер показывает спираль переменного радиуса (коническую). Вероятно, он вычисляет радиус спирали с учётом радикалов аминокислотных остатков.
Рассмотрим этот фрагмент подробнее...
Любопытно, что радиус пептидных групп увеличивается, т.к. 310-спираль перешла в альфа-спираль, но, вероятно, из-за радикалов браузер показывает уменьшение радиуса спирали в конце фрагмента.
2017.04.10 22:01:44
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … PG4YMDD013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1147196514
>ENA|XP_020045571|5904 nucleotides
Кушелев: Пикотехнология помогла восстановить экспериментальные данные!
2017.04.18 20:39:47
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966127
>ENA|XP_016159175|1557 nucleotides
2017.04.18 20:44:20
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1158926006
>ENA|XP_020310926|1548 nucleotides
Кушелев: Обратите внимание на параллельность крайних участков ломаной пролиновой спирали.
2017.04.18 20:50:59
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/82 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/820852004
>ENA|XP_012343509|4566 nucleotides
2017.04.18 21:01:50
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/80 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808137791
>ENA|XP_012171146|4629 nucleotides
Фрагмент:
2017.04.18 21:08:12
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/57 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1032010406
>ENA|XP_006565803|4308 nucleotides
Фрагмент:
2017.04.18 21:22:11
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/30 … 9SRURKB013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/302829403
>ENA|XP_002946269|7917 nucleotides
Фрагмент:
Программная 23-спираль с одиннадцатиричной симметрией аксиальной проекции. Как видим полипролин может встречаться как в виде прямой или ломаной альфа-спирали, так и в виде программной 23-спирали, и вообще как программная произвольная форма.
2017.04.19. 22:34:35
Ищем 48 символов D подряд
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
Нашёлся единственный(!) белок:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … CT76DGC016
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1039188425
>ENA|OBQ31849|complement 529 nucleotides
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgacgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatg
Кушелев: Интересно, зачем нужен такой экзотический белок? Сверхдлинная пи-спираль с одним изломом.